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本發明涉及微藻培養技術，具體涉及一種微藻封閉式兼養培養法及其培養系統，將培養基、無菌水和微藻藻種加入至補料器內，然后輸送至光反應器中恒速流動培養7-10天，光照強度為40-100μmol m^-2s^-1，培養溫度為25-37℃，流速為0.2-0.6m/s；光反應器中的藻液流至收獲分離器中，收獲分離器中的70％-90％的藻液作為新鮮藻液從藻液收集口處排出，剩余10％-30％的藻液作為微藻藻種通過回流泵，從藻種加料口中回流至補料器內，同時補充培養基及無菌水后繼續恒速流動培養，不斷循環重復上述培養步驟，實現微藻的封閉式連續培養。本發明的培養方法實現了微藻的連續化生產，提高了微藻的產率，降低了生產成本。